在核酸的固相合成中，封端（Cap）是继缩合之后的反应和操作，其基本原理是将上一步没有和亚磷酰胺进行反应的糖环上的 5’羟基进行进行酰基化（图1），避免羟基参与后续的反应，减少 N-1 等核苷酸单元缺失的副产物序列比例。

图1. 使用乙酸酐作为封端试剂，

对未反应完的糖环 5’羟基进行酰基化封端的合成原理

当使用 UltraMild 类亚磷酰胺单体时，需要使用专门的 Cap A 试剂。因为 UltraMild 类单体中 A 和 G 上胺基的保护基团主要是苯氧乙酰基（Pac, i-Pac 和 t-Pac 等），该类保护基团在可与乙酸酐发生酰胺交换反应，生成更加不容易脱除的乙酰基保护基（图2），影响后续脱保护的操作。在该情况下，可以使用苯氧乙酸酐的乙腈溶液来替代乙酸酐的乙腈溶液，避免此类副反应的发生。

图2. 乙酸酐作为Cap A封端试剂的时候，

与其他保护基团发生酰胺交换反应

如果封端反应效果价差，会导致对残余的 5’羟基酰基化效果不够，其中的 5’羟基就可以参与后续的合成，会产生相当数量 N-1 或者 N-2 杂质。